自己申请的商标跟别人的版权冲突了怎么处理？

自己申请的商标跟别人的版权冲突了怎么处理？
较近有客户咨询自己的公司申请注册的商标，已经通过初审目前正在公告期，却被另一家公司以侵犯对方版权为由异议了，像这种情况怎么处理？
首先这种情况的话可以在异议通知书的规定期限内进行答辩，一般是收到异议通知书30日内进行答辩；
答辩资料包括：
1. 加盖公章的公司营业执照副本复印件或签字的申请人身份证复印件；
2. 商标异议答辩通知书及信封原件；
3. 异议答辩书；
4. 商标代理委托书；
5. 材料目录、证据目录；
6. 证据材料（商标设计构思，**度，销售及广告等相关的证据材料）
审查时间一般在12个月左右会出答辩结果。
其次，在答辩前期就得先确定对方的版权产生之日是否早于您商标的注册申请日？能否证明自己的商标设计具有独立原创性，如果存在模仿或抄袭他人已有的版权，对方提交的证据充分那就可能影响答辩结果；商标局会根据双方所陈述的事实和理由，调查核实后作出裁定。
根据《商标法》*三十二条规定：申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。

那么为什么已经申请的商标还会被他人以版权提出异议呢？
我们要知道商标注册申请跟版权登记申请是由商标局跟**两个机构分开审查的，是两个不同的数据库，申请时不会两方交叉的去检索，所以会出现自己的商标标样或者企业的Logo版权被他人注册的现象。
根据《商标法》的规定，著作权享有在先权利，未经著作权人的许可，将他人享有著作权的作品作为商标使用，属于侵犯他人在先权利。
《商标法》*三十三条也规定：在先权利人、利害关系人或任何人认为初步审定公告的商标不具有合法性，可在3个月初审公告期内向商标局提出异议申请。
所以在先的著作权异议已经申请注册的商标，到底是恶意抢注商标了，或是恶意抢注版权了较终看双方提交的理由跟证据是否充分。